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bacpacresources CHORI-211說明書

更新時間:2021-02-23      點擊次數:1855

 

 CHORI-211: Zebrafish Tue (Tuebingen) strain (Danio rerio) BAC Library

 

CHORI-211 Tue株斑馬魚Danio rerio BAC庫是由Chung Li Shu和Kazutoyo Osoegawa博士在奧克蘭兒童醫院研究所BACPAC資源的Pieter De Jong實驗室中構建的。Gerd-Joerg Rauch博士從6名男性的睪丸中分離出基因組DNA,并用EcoRI和EcoRI甲基化酶的組合進行了部分消化。選擇大小的DNA被克隆到EcoRI位點之間的pTARBAC2.1載體中。將連接產物轉化入DH10B電感受態細胞(BRL LIFE TECHNOLOGIES)。該文庫已被排列到384孔微量滴定皿中,并被網格劃分為六個22x22cm尼龍高密度過濾器通過探針雜交進行篩選。每個雜交膜代表超過18,000個不同的斑馬魚BAC克隆,一式兩份。圖書館建設得到了分包合同的支持,該分包來自Max-Planck-Institut fuer Entwicklungsbiologie的Robert Geisler博士。他的BAC庫中的克隆已用作英國Sanger研究所基于克隆的測序項目以及德國Max Planx研究所的克隆指紋設計項目的一部分。可以使用“內部” Sanger命名法或“外部” NCBI推薦的命名法在各種公共數據庫中找到這些克隆。例如,CH211-15B7(NCBI命名法)對應于在第15行和第7列的相交處的微量滴定皿(384孔型)#15中發現的克隆。“內部” Sanger命名法中的同一克隆標記為:“ zC15B7”。從BACPAC資源中心(BPRC,@CHORI)訂購克隆時,
bacpacresources CHORI-211說明書

Provisional data for CHORI-211 Zebrafish Tue strain Dani rerio BAC Library:

Segment

1

2

All

Vector

pTARBAC2.1

pTARBAC2.1

pTARBAC2.1

Restriction Enzyme

EcoRI/EcoRI Methylase

EcoRI/EcoRI Methylase

EcoRI/EcoRI Methylase

DNA Source

sperm

sperm

sperm

Plate Numbers

1-144

145-288

1-288

Plate Count

144

144

288

Empty Wells

1314 (2.38%)

1278 (2.31%)

2592 (2.34%)

Non-Recombinant Clones

0 (0%)

41 (0.08%)

41 (0.04%)

Non-Insert Clones

Approx. 648 (1.2%)

Approx. 1404 (2.6%)

Approx. 4104 (3.8%)

Recombinant Clones

53334

52573

103855

Average Insert Size

171 Kbp

160 Kbp

165.7 Kbp

Genomic Coverage

5.4X

5X

10.4X

 

組的。

CHORI-211克隆插入片段大小分布的數據已通過脈沖場凝膠電泳確定。克隆大小分布已以

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